Citation Management

• Você está construindo ou limpando uma bibliografia para um manuscrito, tese ou revisão de literatura e precisa converter DOIs, PMIDs ou IDs do arXiv em entradas BibTeX devidamente formatadas em massa.
• Você precisa pesquisar no Google Scholar ou PubMed de forma programática — incluindo filtragem por intervalo de datas, tipo de publicação ou termos MeSH — e exportar os resultados diretamente para BibTeX.
• Você possui um arquivo BibTeX existente que precisa de deduplicação, padronização de formatação e verificação de DOI antes da submissão.
• Você está trabalhando em um fluxo de escrita baseado em LaTeX e precisa de referências validadas e formatadas de forma consistente que se integrem às habilidades de revisão de literatura ou de escrita científica.

• Você só precisa de uma única citação avulsa e consegue recuperá-la manualmente no site de um editor mais rápido do que configurar um fluxo de trabalho.
• Seu projeto usa um estilo de citação não baseado em BibTeX (por exemplo, formatos apenas com notas de rodapé em algumas revistas de humanidades) — esta habilidade é orientada para a saída em BibTeX.
• Você precisa de recuperação de texto completo ou gerenciamento de PDFs; esta habilidade lida apenas com metadados e referências, não com armazenamento de documentos.

Pesquise no Google Scholar e no PubMed de forma programática usando search_google_scholar.py e search_pubmed.py. Suporta operadores avançados, termos MeSH, filtros de intervalo de datas, filtros de tipo de publicação, ordenação por contagem de citações e exportação para JSON ou BibTeX.

Converta qualquer combinação de DOIs, PMIDs, IDs do arXiv ou URLs em metadados de citação completos usando extract_metadata.py. As fontes incluem CrossRef (DOIs), PubMed E-utilities (biomédico), arXiv API (preprints) e DataCite (conjuntos de dados e software) — todas gratuitas, sem necessidade de chave de API para a maioria.

Use doi_to_bibtex.py para conversão rápida de DOI individual ou em lote. Aceita uma lista de DOIs a partir de um arquivo (um por linha) e gera um arquivo .bib pronto para uso, com suporte opcional à área de transferência para entradas individuais.

validate_citations.py verifica a resolução de DOI via doi.org e CrossRef, confere os campos obrigatórios por tipo de entrada BibTeX, detecta duplicatas e valida a sintaxe. Um sinalizador --auto-fix corrige problemas comuns automaticamente e gera um relatório de validação estruturado em JSON.

format_bibtex.py padroniza a ordem dos campos, indentação, formato do nome dos autores e capitalização de títulos; ordena as entradas por chave, ano ou autor; e remove entradas duplicadas. Produz arquivos .bib formatados de forma consistente e prontos para compilação em LaTeX.

O fluxo de trabalho de cinco fases — busca, extração de metadados, formatação BibTeX, validação e integração com a escrita — é totalmente automatizável por scripts. Cada fase possui ferramentas dedicadas e pode ser combinada em um único pipeline, desde consultas de busca brutas até um final_references.bib validado.

Pesquise no Google Scholar e no PubMed por artigos relevantes ao tema, extraia metadados dos resultados, adicione artigos específicos por DOI e, em seguida, execute a deduplicação, formatação e validação em sequência para produzir um arquivo .bib pronto para submissão em um documento LaTeX.

Dado um arquivo de texto simples com DOIs coletados durante a leitura, execute doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib para gerar um arquivo BibTeX completo em segundos, dispensando qualquer inserção manual.

Passe um arquivo .bib bagunçado e com múltiplas fontes pelo format_bibtex.py para padronização e desduplicação, e em seguida pelo validate_citations.py com --auto-fix para resolver DOIs quebrados, campos obrigatórios ausentes e erros de sintaxe antes da submissão final.

Use search_google_scholar.py com --sort-by citations para encontrar artigos seminais e altamente citados sobre um tema, depois redirecione os resultados pelo extract_metadata.py para gerar imediatamente um arquivo BibTeX das referências mais influentes.