Citation Management

• U bouwt of schoont een bibliografie op voor een manuscript, proefschrift of literatuuroverzicht en moet DOI's, PMID's of arXiv-ID's in bulk omzetten naar correct geformatteerde BibTeX-vermeldingen.
• U moet Google Scholar of PubMed programmatisch doorzoeken — inclusief filteren op datumbereik, publicatietype of MeSH-termen — en resultaten rechtstreeks exporteren naar BibTeX.
• U heeft een bestaand BibTeX-bestand dat vóór indiening ontdubbeld, qua opmaak gestandaardiseerd en op DOI-geldigheid gecontroleerd moet worden.
• U werkt in een op LaTeX gebaseerde schrijfworkflow en heeft gevalideerde, consistent opgemaakte referenties nodig die integreren met de vaardigheden voor literatuuronderzoek of wetenschappelijk schrijven.

• Je hebt slechts één enkele ad-hocverwijzing nodig en kunt deze handmatig sneller ophalen van de website van een uitgever dan het opzetten van een workflow.
• Jouw project gebruikt een citatiestijl die niet gebaseerd is op BibTeX (bijv. noten-only-formaten in sommige geesteswetenschappelijke tijdschriften) — deze vaardigheid is gericht op BibTeX-uitvoer.
• Je hebt volledige tekstopvraging of PDF-beheer nodig; deze vaardigheid verwerkt alleen metadata en referenties, niet de opslag van documenten.

Zoek programmatisch in Google Scholar en PubMed met behulp van search_google_scholar.py en search_pubmed.py. Ondersteunt geavanceerde operatoren, MeSH-termen, datumbereikfilters, publicatietypefilters, sorteren op aantal citaties en exporteren naar JSON of BibTeX.

Converteer elke combinatie van DOI's, PMID's, arXiv-ID's of URL's naar volledige citatiemetadata met behulp van extract_metadata.py. Bronnen zijn onder andere CrossRef (DOI's), PubMed E-utilities (biomedisch), arXiv API (preprints) en DataCite (datasets en software) — allemaal gratis, voor de meeste zonder API-sleutel.

Gebruik doi_to_bibtex.py voor snelle enkelvoudige of batch-DOI-conversie. Accepteert een lijst van DOI's uit een bestand (één per regel) en genereert een gebruiksklaar .bib-bestand, met optionele klembordondersteuning voor afzonderlijke vermeldingen.

validate_citations.py controleert DOI-resolutie via doi.org en CrossRef, verifieert verplichte velden per BibTeX-invoertype, detecteert duplicaten en valideert de syntaxis. Een --auto-fix-vlag corrigeert veelvoorkomende problemen automatisch en genereert een gestructureerd JSON-validatierapport.

format_bibtex.py standaardiseert de volgorde van velden, inspringing, de opmaak van auteursnamen en de hoofdlettergebruik in titels; sorteert vermeldingen op sleutel, jaar of auteur; en verwijdert dubbele vermeldingen. Produceert consistent opgemaakte .bib-bestanden die klaar zijn voor LaTeX-compilatie.

De vijffasige workflow — zoeken, metadata-extractie, BibTeX-opmaak, validatie en schrijfintegratie — is volledig scriptbaar. Elke fase heeft toegewijde tooling en kan worden gecombineerd tot één enkele pipeline, van ruwe zoekopdrachten tot een gevalideerd final_references.bib.

Doorzoek Google Scholar en PubMed op onderwerpsgerelateerde artikelen, extraheer metadata uit de resultaten, voeg specifieke artikelen toe via DOI, en voer vervolgens deduplicatie, opmaak en validatie achtereenvolgens uit om een indieningsklaar .bib-bestand te genereren voor een LaTeX-document.

Gegeven een platte tekstbestand met DOI's die tijdens het lezen zijn verzameld, voer doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib uit om binnen enkele seconden een volledig BibTeX-bestand te genereren, waarbij handmatige invoer volledig wordt omzeild.

Voer een rommelig .bib-bestand met meerdere bronnen door format_bibtex.py voor standaardisatie en deduplicatie, en vervolgens door validate_citations.py met --auto-fix om kapotte DOI's, ontbrekende verplichte velden en syntaxfouten op te lossen vóór de definitieve indiening.

Gebruik search_google_scholar.py met --sort-by citations om baanbrekende en veelgeciteerde papers over een onderwerp naar boven te halen, en stuur de resultaten vervolgens door extract_metadata.py om direct een BibTeX-bestand van de meest invloedrijke referenties te genereren.