Citation Management

• Vous construisez ou nettoyez une bibliographie pour un manuscrit, une thèse ou une revue de littérature et avez besoin de convertir en masse des DOI, des PMID ou des identifiants arXiv en entrées BibTeX correctement formatées.
• Vous devez effectuer des recherches sur Google Scholar ou PubMed de manière programmatique — notamment en filtrant par plage de dates, type de publication ou termes MeSH — et exporter les résultats directement en BibTeX.
• Vous disposez d'un fichier BibTeX existant qui nécessite une déduplication, une standardisation du formatage et une vérification des DOI avant soumission.
• Vous travaillez dans un flux de rédaction basé sur LaTeX et avez besoin de références validées et formatées de manière cohérente, s'intégrant aux compétences en revue de littérature ou en rédaction scientifique.

• Vous n'avez besoin que d'une seule citation ponctuelle et pouvez la récupérer manuellement sur le site d'un éditeur plus rapidement que de mettre en place un flux de travail.
• Votre projet utilise un style de citation non basé sur BibTeX (par exemple, les formats uniquement en notes de bas de page dans certaines revues en sciences humaines) — cette compétence est orientée vers la sortie BibTeX.
• Vous avez besoin de la récupération de texte intégral ou de la gestion de PDF ; cette compétence gère uniquement les métadonnées et les références, et non le stockage de documents.

Effectuez des recherches sur Google Scholar et PubMed de manière programmatique à l'aide de search_google_scholar.py et search_pubmed.py. Prend en charge les opérateurs avancés, les termes MeSH, les filtres de plage de dates, les filtres de type de publication, le tri par nombre de citations, ainsi que l'exportation en JSON ou BibTeX.

Convertissez n'importe quelle combinaison de DOI, PMID, identifiants arXiv ou URL en métadonnées de citation complètes à l'aide de extract_metadata.py. Les sources incluent CrossRef (DOI), les utilitaires E de PubMed (biomédical), l'API arXiv (prépublications) et DataCite (jeux de données et logiciels) — toutes gratuites, sans clé API requise pour la plupart.

Utilisez doi_to_bibtex.py pour une conversion rapide de DOI individuels ou en lot. Accepte une liste de DOI depuis un fichier (un par ligne) et génère un fichier .bib prêt à l'emploi, avec prise en charge optionnelle du presse-papiers pour les entrées individuelles.

validate_citations.py vérifie la résolution des DOI via doi.org et CrossRef, contrôle les champs obligatoires par type d'entrée BibTeX, détecte les doublons et valide la syntaxe. Un indicateur --auto-fix corrige automatiquement les problèmes courants et génère un rapport de validation JSON structuré.

format_bibtex.py standardise l'ordre des champs, l'indentation, le format des noms d'auteurs et la capitalisation des titres ; trie les entrées par clé, année ou auteur ; et supprime les entrées en double. Produit des fichiers .bib formatés de manière cohérente, prêts pour la compilation LaTeX.

Le flux de travail en cinq phases — recherche, extraction des métadonnées, formatage BibTeX, validation et intégration à la rédaction — est entièrement scriptable. Chaque phase dispose d'outils dédiés et peut être combinée en un seul pipeline, allant des requêtes de recherche brutes à un fichier final_references.bib validé.

Recherchez des articles pertinents sur Google Scholar et PubMed, extrayez les métadonnées des résultats, ajoutez des articles spécifiques par DOI, puis exécutez la déduplication, la mise en forme et la validation en séquence pour produire un fichier .bib prêt à soumettre pour un document LaTeX.

À partir d'un fichier texte brut de DOI collectés lors de vos lectures, exécutez doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib pour générer un fichier BibTeX complet en quelques secondes, en évitant toute saisie manuelle.

Faites passer un fichier .bib désordonné et provenant de plusieurs sources dans format_bibtex.py pour la standardisation et la déduplication, puis dans validate_citations.py avec --auto-fix pour résoudre les DOI incorrects, les champs obligatoires manquants et les erreurs de syntaxe avant la soumission finale.

Utilisez search_google_scholar.py avec --sort-by citations pour faire remonter les articles fondateurs et les plus cités sur un sujet, puis redirigez les résultats vers extract_metadata.py pour générer immédiatement un fichier BibTeX des références les plus influentes.