Citation Management

• Estás construyendo o limpiando una bibliografía para un manuscrito, tesis o revisión de literatura y necesitas convertir DOIs, PMIDs o IDs de arXiv en entradas BibTeX correctamente formateadas de forma masiva.
• Necesitas buscar en Google Scholar o PubMed de manera programática — incluyendo el filtrado por rango de fechas, tipo de publicación o términos MeSH — y exportar los resultados directamente a BibTeX.
• Tienes un archivo BibTeX existente que necesita deduplicación, estandarización de formato y verificación de DOI antes de su envío.
• Estás trabajando en un flujo de escritura basado en LaTeX y necesitas referencias validadas y con formato consistente que se integren con las habilidades de revisión de literatura o escritura científica.

• Solo necesitas una cita puntual y puedes recuperarla manualmente desde el sitio de un editor más rápido que configurando un flujo de trabajo.
• Tu proyecto utiliza un estilo de cita no basado en BibTeX (por ejemplo, formatos solo de notas al pie en algunas revistas de humanidades) — esta habilidad está orientada a la salida en BibTeX.
• Necesitas recuperación de texto completo o gestión de PDF; esta habilidad maneja únicamente metadatos y referencias, no el almacenamiento de documentos.

Busca en Google Scholar y PubMed de forma programática utilizando search_google_scholar.py y search_pubmed.py. Admite operadores avanzados, términos MeSH, filtros de rango de fechas, filtros de tipo de publicación, ordenación por número de citas y exportación a JSON o BibTeX.

Convierte cualquier combinación de DOIs, PMIDs, IDs de arXiv o URLs en metadatos de citas completos utilizando extract_metadata.py. Las fuentes incluyen CrossRef (DOIs), PubMed E-utilities (biomedicina), arXiv API (preprints) y DataCite (conjuntos de datos y software) — todas gratuitas, sin necesidad de clave de API para la mayoría.

Usa doi_to_bibtex.py para una conversión rápida de DOI individual o por lotes. Acepta una lista de DOIs desde un archivo (uno por línea) y genera un archivo .bib listo para usar, con soporte opcional de portapapeles para entradas individuales.

validate_citations.py comprueba la resolución de DOI a través de doi.org y CrossRef, verifica los campos obligatorios según el tipo de entrada BibTeX, detecta duplicados y valida la sintaxis. Un indicador --auto-fix corrige automáticamente los problemas más comunes y genera un informe de validación estructurado en formato JSON.

format_bibtex.py estandariza el orden de los campos, la sangría, el formato de los nombres de los autores y el uso de mayúsculas en los títulos; ordena las entradas por clave, año o autor; y elimina entradas duplicadas. Genera archivos .bib con formato coherente, listos para la compilación en LaTeX.

El flujo de trabajo de cinco fases — búsqueda, extracción de metadatos, formato BibTeX, validación e integración en la redacción — es completamente scriptable. Cada fase cuenta con herramientas dedicadas y puede combinarse en un único pipeline que va desde consultas de búsqueda sin procesar hasta un final_references.bib validado.

Busca artículos relevantes sobre el tema en Google Scholar y PubMed, extrae los metadatos de los resultados, añade artículos específicos mediante DOI y, a continuación, ejecuta la deduplicación, el formateo y la validación en secuencia para generar un archivo .bib listo para enviar, destinado a un documento LaTeX.

Dado un archivo de texto plano de DOIs recopilados durante la lectura, ejecuta doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib para generar un archivo BibTeX completo en segundos, evitando toda entrada manual.

Pasa un archivo .bib desordenado y de múltiples fuentes por format_bibtex.py para estandarizarlo y eliminar duplicados, luego por validate_citations.py con --auto-fix para resolver DOIs rotos, campos obligatorios faltantes y errores de sintaxis antes de la entrega final.

Utiliza search_google_scholar.py con --sort-by citations para identificar artículos seminales y muy citados sobre un tema, luego canaliza los resultados a través de extract_metadata.py para generar inmediatamente un archivo BibTeX con las referencias más influyentes.